本发明公开了一种低温木聚糖酶XynAGN16及其基因、重组载体、重组菌株。本发明提供了一种来源于节杆菌(Arthrobacter sp.)的木聚糖酶XynAGN16,其氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示,且本发明提供了上述木聚糖酶的编码基因xynAGN16,木聚糖酶基因xynAGN16的重组载体和木聚糖酶基因xynAGN16的重组菌株。本发明的木聚糖酶具有以下性质:最适pH6.5;最适温度为45℃,在0℃、10℃及20℃下分别具有17.2%、27.6%和41.8%的酶活;在60℃下处理1h,剩余酶活分别为23.3%,比其它低温木聚糖酶稳定。本发明的木聚糖酶可应用于饲料及食品行业。