The present invention relates to an automated cleanroom system for producing enzyme fermented food, which is characterized by that sensors for temperature, humidity, carbon dioxide gas and smells are separately installed within a fermentation chamber, and the fermentation chamber is configured so that an air conditioner having a hot/cool boiler, a dehumidifier, and an anti-fouling filter can simultaneously control the temperature, humidity, carbon dioxide gas, and smells necessary for an enzyme fermentation in the fermentation chamber in a desired condition for enzymes on a basis of the information supplied to each sensor.본 발명은 발효실 내부에 온도, 습도 및 탄산가스, 그리고 냄새 센서가 각각 설치되고, 이들 각 센서에서 공급되는 정보를 바탕으로 냉온 보일러, 제습기, 오염방지 필터 등을 갖춘 공조기가 효소 발효에 필요한 발효실의 내부에 온도, 습도 및 탄산가스, 그리고 냄새를 효소가 원하는 조건으로 동시에 조절할 수 있도록 하는 발효실을 구성하는 것을 특징으로 한다.