本发明涉及基因工程领域,具体地,本发明涉及一种具半乳甘露聚糖降解能力的嗜酸α-半乳糖苷酶AgalB及其基因和应用。根据本发明的α-半乳糖苷酶AgalB,其具有如SEQ ID NO.1或3所示的氨基酸序列,编码上述α-半乳糖苷酶有如SEQ IDNO.4或6所示的核苷酸序列。本发明提供了一个新的α-半乳糖苷酶基因,其编码的α-半乳糖苷酶具嗜酸性,作用pH范围广,较好的耐热性,较强的蛋白酶抗性和较好的水解各种底物的能力,可应用于饲料、食品、医药等工业。根据本发明的技术方案就可以实现利用基因工程手段生产具半乳甘露聚糖降解能力的嗜酸α-半乳糖苷酶。