A vacuum drying apparatus according to the present invention comprises: a drying chamber which accommodates a drying object; a first dehydration unit which is connected to the drying chamber, and has a first collection means capable of being cooled to a first temperature capable of condensing and collecting moisture sublimated from the drying object; a second dehydration unit which is connected to the drying chamber independently from the first dehydration unit, and has a second collection means capable of being cooled to a second temperature lower than the first temperature; a first partition unit which allows the drying chamber and the first dehydration unit to selectively communicate with or be separated from each other; and a second partition unit which allows the drying chamber and the second dehydration unit to selectively communicate with or be separated from each other. The first partition unit and the second partition unit are switching means, which close, after cleaning the drying chamber, the first dehydration unit, and the second dehydration unit, the second dehydration unit while allowing the drying chamber and the first dehydration unit to communicate, to perform first freeze drying, and then close the first dehydration unit while allowing the drying chamber and the second dehydration unit to communicate, to perform second freeze drying.본 발명의 진공 건조 장치는 피 건조물을 수용하는 건조실, 상기 건조실에 연결되고 상기 피 건조물에서 승화된 수분을 응결시켜 포집할 수 있는 제 1 온도로 냉각될 수 있는 제 1 포집수단을 갖는 제 1 탈수부, 상기 제 1 탈수부와 독립적으로 상기 건조실에 연결되며 상기 제 1 온도보다 낮은 제 2 온도로 냉각될 수 있는 제 2 포집수단을 갖는 제 2 탈수부, 상기 건조실과 상기 제 1 탈수부를 선택적으로 연통시키거나 서로 탈리시킬 수 있는 제 1 칸막이부, 상기 건조실과 상기 제 2 탈수부를 선택적으로 연통시키거나 서로 탈리시킬 수 있는 제 2 칸막이부를 포함한다. 상기 제 1 칸막이부와 상기 제 2 칸막이부는 상기 건조실, 상기 제 1 탈수부 및 상기 제 2 탈수부를 세정한 다음에, 상기 건조실과 상기 제 1 탈수부를 연통시키면서, 상기 제 2 탈수부를 폐색하여 제 1 동결건조를 실시하고 난 후, 상기 건조실과 상기 제 2 탈수부를 연통시키면서 상기 제 1 탈수부를 폐색하고 제 2 동결건조하는 전환 수단이다.