本发明提供一种快速鉴定燕麦属物种A、C基因组的方法,以待鉴定材料DNA为模板,以SEQ ID No.3和4所示序列为引物,扩增含有如SEQ ID No.1/2所示序列的片段,对扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳检测,分析电泳结果,若扩增得到大小约830bp的片段,则表明此材料中含有A基因组,若扩增得到大小约730bp的片段,则表明此材料中含有C基因组,若扩增得到两条大小分别为830p和730bp左右的条带,则表明此材料含有A和C基因组。本发明方法能够快速、准确地鉴定燕麦材料中是否含有A、C基因组,根据该方法构建的检测试剂盒操作简便,特异性好,灵敏度高,适合于基层推广使用。