本发明公开了一种大豆细胞壁酸性磷酸酶蛋白基因GmPAP1‑like及其应用。所述酸性磷酸酶蛋白基因GmPAP1‑like的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,酸性磷酸酶蛋白GmPAP1‑like的氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示。本发明的酸性磷酸酶蛋白GmPAP1‑like具有参与细胞外有机磷的活化和利用的功能,最终提高植株提高耐低磷的能力,具有较强的酸性磷酸酶酶活;在作物根中过量表达酸性磷酸酶蛋白基因,能显著增强转基因根的有机磷活化和利用能力,因此可通过基因转化增强大豆根对酸性土壤低磷胁迫的适应能力,在构建耐低磷胁迫转基因大豆方面具有很好的应用前景。