本发明属于猪分子标记筛选技术领域，具体涉及猪NTF3启动子区SNP作为公猪繁殖性状分子标记与应用。该分子标记克隆自猪NTF3基因的5’侧翼启动子片段，其核苷酸序列如SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示，在SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2所示的序列的第92位碱基处分别存在一个A/G和G/A的等位基因突变，该等位基因的突变引起MvaI‑RFLP的多态性。利用该标记对大白猪和杜洛克猪的公猪繁殖性状进行了关联分析。所述繁殖性状包括公猪精子活力和精子密度性状。本发明还公开了该标记的分型检测方法，为公猪繁殖性状选择提供了新的标记。可应用于公猪繁殖性状评测和种公猪繁殖性能的遗传改良。
