本发明公开了一种快速鉴定黄瓜品系刺瘤稀密的分子标记，该分子标记为分子标记MM3、分子标记MM1或分子标记MM2；所述分子标记MM3由SEQ ID NO:9所示的核苷酸序列和SEQ ID NO:10所示的核苷酸序列组成，其中SEQ ID NO:9所示的核苷酸序列与黄瓜密刺基因FS1完全连锁，SEQ ID NO:10所示的核苷酸序列与黄瓜稀刺基因fs1完全连锁；同时，本发明还提供了一种利用分子标记MM3快速鉴定黄瓜品种或品系刺瘤稀密的方法。本发明提供的分子标记及鉴定方法有助于建立稀/密刺瘤黄瓜的分子标记辅助育种体系；并将其应用于黄瓜育种实践中，不仅筛选快速精准，不受环境影响，选择目标明确，而且节约生产成本，大大提高目标黄瓜品种或品系刺瘤类型的选择效率和质量，具有很高的社会经济价值。
