本发明属于分子标记领域,提供一种枇杷自交亲和Si分子标记,自交亲和标记引物和自交亲和品种快速鉴定方法。该Si分子标记序列如SEQ ID NO.1所示,大小为830bp,标记引物AS-PCR序列:正向引物如SEQ ID NO.2;反向引物如SEQ ID NO.3所示。鉴定方法以Si作为分子标记,以标记引物AS-PCR扩增不同枇杷品种DNA,筛选,可扩增出830bp片段的标志着Si分子标记的存在,说明该枇杷品种为自交亲和品种。本方法能快速鉴定枇杷自交亲和品种,不需要配置授粉树或进行人工授粉,可大大节约成本;不易受外界因素影响,精确度大,打破了传统方法的局限性,对提高枇杷的产量和品质有很大意义。