本发明提供了一种靶向结合CD133蛋白的核酸适配体及其筛选方法和用途,核酸适配体序列如SEQ ID NO.1,本发明采用细胞筛选的方法从ssDNA文库中筛选出靶向结合CD133蛋白的适配体,并对筛选出的ssDNA通过高通量测序的方法进行检测,最终通过流式细胞术等方法对所得序列的稳定性以及亲和性的分析,挑选出适配体AP‑1‑M。然后通过免疫荧光法证明适配体AP‑1‑M能够特异性地靶向结合CD133蛋白,并和表达CD133蛋白的ATC细胞结合从而起到靶向输送的作用,为ATC的靶向治疗提供新的思路和方法。