Disclosed in the present invention is a collective quantification method for target proteins using next generation sequencing. The method of the present invention comprises the following steps: (a) treating an analysis target sample with an aptamer library of a target protein group present in the sample, to form complexes between each target protein and the aptamer that specifically binds thereto, and to thereby form a complex group between the target proteins and the aptamers; (b) isolating the complex group from non-bound aptamers; and (c) analyzing the sequence of each aptamer of the complex group by next generation sequencing to quantify each aptamer of the complex group, and to thereby quantify each target protein of the complex group. The method of the present invention can be extremely beneficially used to collectively quantify proteins in an analysis sample.COPYRIGHT KIPO 2018본 발명은 차세대서열결정법을 이용한 표적 단백질의 집단적 정량 방법을 개시한다. 본 발명의 방법은 (a) 분석 대상 시료에, 그 시료에 존재하는 표적 단백질 집단에 압타머 라이브러리를 처리하여, 각 표적 단백질과 이에 특이적으로 결합하는 각 압타머 사이의 복합체를 형성시킴으로써, 표적 단백질과 압타머 사이의 복합체 집단을 형성시키는 단계와, (b) 상기 복합체 집단을 비결합 압타머로부터 분리하는 단계와, (c) 상기 복합체 집단의 각 압타머의 서열을 차세대서열분석 기술로 분석하여 그 복합체 집단의 각 압타머를 정량함으로써 상기 복합체 집단의 각 표적 단백질을 정량하는 단계를 포함한다. 본 발명의 방법은 분석 시료 중의 단백질들을 집단적으로 정량하는데 매우 유용하게 사용될 수 있다.