The present invention relates to a multistage ginseng seedling automatic transport system, comprising: a stacking frame capable of stacking a plurality of cultivators in a plurality of stages a first transport unit capable of independently and horizontally reciprocating the cultivators a second transport unit interlocked with the first transport unit to pull the cultivators out of the stacking frame or to return the cultivators to the first transport unit an elevating unit for elevating and lowering the second transport unit to connect or separate the first transport unit and the second transport unit and a main transport unit for horizontally moving the second transport unit and the elevating unit to carry out or carry in the cultivators loaded on the second transport unit to the outside. By allowing the heavy cultivators to be automatically and independently pulled out from or returned to the stacking frame, accidents can be prevented in advance, the efficiency and speed of the work can be enhanced, and the production cost can be reduced as well.본 발명은 다단식 묘삼 자동 운송 시스템에 관한 것으로서, 복수의 재배함을 다단으로 적재시킬 수 있는 적재 프레임과, 상기 각각의 재배함을 독립적으로 수평 왕복 이송시킬 수 있는 제1이송부와, 상기 제1이송부를 연동시켜 상기 재배함을 상기 적재 프레임으로부터 빼내거나 상기 제1이송부로 원위치시키는 제2이송부와, 상기 제2이송부를 승강시켜 상기 제1이송부와 제2이송부가 연결 또는 분리되도록 하는 승강부, 및 상기 제2이송부와 승강부를 수평 이동시켜 상기 제2이송부에 적재되는 상기 재배함을 외부로 반출 또는 반입시키는 메인 운송부로 구성됨으로써, 고중량의 재배함을 적재 프레임으로부터 자동으로 또한 독립적으로 빼내거나 원위치시킬 수 있게 함으로써, 안전사고를 미연에 방지하고, 작업의 효율성과 신속성 향상은 물론 생산 비용을 절감할 수 있다.