本发明涉及基因工程领域,具体地,本发明涉及一种pH 2.5~6.5范围内有高活性的β-甘露聚糖酶MAN5A及其基因和应用。本发明提供了一种新的β-甘露聚糖酶MAN5A,其具有如SEQ ID NO.1或2所示氨基酸序列,且本发明还提供了编码上述β-甘露聚糖酶MAN5A的基因,其核苷酸序列如SEQ ID NO.3或4所示,以及包含该基因的重组载体和重组菌株及其应用。本发明提供的pH 2.5~6.5范围内有高活性的β-甘露聚糖酶MAN5A具有强嗜酸性,作用pH范围广,较好的耐热性和抗蛋白酶能力,可作应用于饲料、食品、医药等工业。根据本发明的技术方案可以实现利用基因工程手段生产性质优良适合工业应用的β-甘露聚糖酶。