Many RNAs cause disease, however RNA is rarely exploited as a small molecule drug target. Disclosed herein are methods for identifying privileged RNA motif-small molecule interactions to enable the rational design of compounds that modulate RNA biology starting from only sequence. A massive, library-versus-library screen was completed that probed over 50 million binding events between RNA motifs and small molecules. The resulting data provide a rich encyclopedia of small molecule-RNA recognition patterns, defining chemotypes and RNA motifs that confer selective, avid binding. The resulting interaction maps were mined against the entire viral genome of hepatitis C virus (HCV). A small molecule was identified that avidly bound RNA motifs present in the HCV3' untranslated region and inhibited viral replication while having no effect on host cells. Collectively, this investigation represents the first whole genome pattern recognition between small molecules and RNA folds.De nombreux ARN provoquent des maladies, cependant l'ARN est rarement exploité en tant que cible des médicaments à petites molécules. L'invention concerne des procédés d'identification d'interactions privilégiées motif d'ARN-petite molécule pour permettre la conception rationnelle de composés qui modulent la biologie de l'ARN à partir d'une seule séquence. Un criblage massif, banque contre banque, a été réalisé et a étudié plus de 50 millions d'événements de liaison entre des motifs d'ARN et des petites molécules. Les données résultantes fournissent une riche encyclopédie de motifs de reconnaissance petites molécules-ARN, définissant des chimiotypes et des motifs d'ARN qui confèrent une liaison avide sélective. Les cartes d'interaction résultantes ont été exploitées pour le génome viral tout entier du virus de l'hépatite C (VHC). Cela a permis d'identifier une petite molécule qui s'est avidement liée à des motifs d'ARN présents dans la région non traduite du VHC3' et qui a inhibé la réplication virale t
