本发明涉及水稻育种技术领域的一种水稻生殖发育基因MMD2的应用及恢复水稻雄性不育的方法;所述的MMD2基因序列如SEQ ID NO.1所示,其编码的氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示,所述的应用是:通过基因变异或抑制表达使得水稻雄性生殖发育异常,获得水稻雄性不育系并可以用来生产杂交种子;所涉恢复MMD2基因功能缺失所致的雄性不育的方法,通过引物扩增MMD2基因构建载体,使用遗传转化方法转化突变体,能够使突变体恢复到野生型表型。本发明获得的水稻突变体营养生长阶段没有任何异常,但生殖生长异常导致完全不育;应用于杂交育种中,可以免除母本去雄的工作,大大提高生产效率,降低人工成本,在农业生产上具有重要的应用。