The present invention relates to a cleaning system of an aquaculture tank for early-stage larval eels which includes: a mixing system for a liquid feedstuff which measures and controls the discharge velocity and the flow rate of the aquaculture water; an aquaculture tank main body which comprises an open top, a floor part having a certain area, and an outer wall in the shape of a polygon; a guide rail formed on the upper parts of a right side and a left side of the outer wall of the aquaculture tank main body; a sub-motor which moves along the guide rail; a water supplying pipe which moves inside the aquaculture tank according to the movement of the sub-motor joined thereto; a discharging pipe arranged on a center side of the inside of the aquaculture tank main body. The liquid feedstuff inside the aquaculture tank is automatically mixed at a proper flow rate to increase the survival rate of the early-stage larval eels. An inner space of the aquaculture tank is cleaned by the currents of the aquaculture water supplied by the water supplying pipe formed to be able to reciprocate along the guide rail formed on the upper part of the outer wall of the aquaculture tank main body.본 발명은 사육수의 토출속도 및 유속을 측정하고 제어하는 액상사료 혼합시스템; 상부가 개구되고 일정면적을 갖는 바닥부와 다각형의 수조외벽으로 이루어진 수조 본체; 수조 본체의 좌우측 외벽 상측에 형성된 가이드레일; 가이드레일을 따라 이동 가능한 서브모터; 수조내부에서 연결된 서브모터에 따라 이동하는 급수관; 수조 본체 내부 중심측에 배치되는 배수관으로 이루어져 사육수조 내의 액상사료를 적절한 유속으로 자동으로 섞어 뱀장어 초기 부화 자어들의 생존율을 향상시킬 수 있고 수조본체의 외벽 상측에 형성된 가이드 레일을 따라 왕복운동이 가능하도록 형성된 급수관을 통해 공급되는 사육수의 수류를 이용하여 수조 내부를 청소할 수 있도록 한 뱀장어 초기 자어 사육 수조의 청소시스템에 관한 것이다.