Methods of qualitatively and/or quantitatively detecting the presence of mutations, modifications or impurities in a protein sample are provided. The methods utilize isotopically labeled variants of amino acids incorporated into proteins prior to protein digest to enable comparisons of two protein samples in bottom-up liquid chromatography. The measurements achieved by the present invention take into account not only the masses of peptides generated during proteolytic digest, but also the abundance of each resulting peptide. Measuring of the abundance of peptides by MS is enabled by utilizing a SITRS sample that is mixed with an unlabeled protein prior to protein digest. As used herein, the term "SITRS sample" or "SITRS standard" means a protein (e.g., an antibody) of known sequence, labeled with a stable isotopically labeled variant of at least one amino acid present in the protein.Se proporcionan los métodos para la detección cualitativa y/o cuantitativa de la presencia de mutaciones, modificaciones o impurezas en una muestra de proteína. Los métodos utilizan las variantes isotópicamente etiquetadas de los aminoácidos incorporados en las proteínas antes de la digestión de proteína para permitir las comparaciones de dos muestras de proteína en la cromatografía líquida ascendente. Las mediciones alcanzadas por la presente invención consideran no sólo las masas de los péptidos generados durante la digestión proteolítica, sino también la abundancia de cada péptido resultante. La medición de la abundancia de los péptidos por MS es permitida al utilizar una muestra de SITRS que se mezcla con una proteína no etiquetada antes de la digestión de proteína. Según se utilizó en la presente, el término "muestra de SITRS" o "estándar SITRS" significa una proteína (por ejemplo, un anticuerpo) de la secuencia conocida, etiquetada con una variante estable isotópicamente etiquetada de por lo menos un aminoácido presente en la proteína.
