This endoscope system (1) is provided with: an insertion section (6)； an observation window (8) that is provided to the insertion section (6) and that acquires a first subject image from a first region； an observation window (8b) that is provided to the insertion section (6) and that acquires a second subject image from a second region of which at least a portion differs from the first region； an illumination window (7) that outputs first illumination light at the first region； an illumination window (7b) that outputs second illumination light at the second region； an illumination control unit (31) that causes a first illumination unit and second illumination unit to intermittently output illumination light in a manner so as to include at least a state in which the first illumination light and second illumination light are output simultaneously, and a state in which only one of the first illumination light and second illumination light is output； and a control unit (42) that generates an image on the basis of the first subject image acquired via the observation window (8) while the first illumination light is output, and a second subject image acquired by the observation window (8b) while the second illumination light is output.L'invention concerne un système d'endoscope (1) qui comprend : une section d'insertion (6)； une fenêtre d'observation (8) qui est située sur la section d'insertion (6) et qui acquiert une première image de sujet à partir d'une première région； une fenêtre d'observation (8b) qui est située sur la section d'insertion (6) et qui acquiert une seconde image de sujet à partir d'une seconde région dont au moins une partie diffère de la première région； une fenêtre d'éclairage (7) qui émet une première lumière d'éclairage au niveau de la première région； une fenêtre d'éclairage (7b) qui émet une seconde lumière d'éclairage au niveau de la seconde région； une unité de commande d'éclairage (31) qui amène une première unité d'éclairage et une seconde un
