本发明公开了鉴定水稻雄性不育类型及三系杂交稻类型的方法及分子标记和引物，属于分子标记检测领域。鉴定水稻细胞质雄性不育类型及三系杂交水稻类型的分子标记及引物的序列如SEQ ID NO.1～36所示。本发明的鉴定方法包括如下步骤：提取水稻材料的总DNA；以提取的总DNA为模板，用上述引物进行PCR扩增；分析PCR扩增结果，若两个材料的扩增带型完全一致，则其具有相同的细胞质组型，即具有相同的母本来源，否则，其具有不同的细胞质组型，即具有不同的母本来源。本发明操作简便、稳定可靠，可用于细胞质雄性不育系和三系杂交水稻品种的鉴定，具有准确、高效、快速的特点，提高了不育系和新品种鉴定的效率。
