本发明提供了一种用于鉴定三系杂交水稻不育系骏1A的特异引物组合,包括ZJJU01、ZJJU02、ZJJU03和ZJJU04,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1~8所示,本发明同时还提供了根据上述引物组合来鉴定三系杂交水稻不育系骏1A的方法,步骤如下:首先提取目标植物基因组,然后以基因组为模板,用权利要求1所述的特异引物组合进行PCR检测。本发明根据能鉴定三系杂交水稻不育系骏1A的ISSR引物扩增序列设计引物,通过PCR扩增,可以快速从其他水稻品种中鉴定三系杂交水稻不育系骏1A。本发明提供的三系杂交水稻不育系骏1A的鉴定方法,可用于上述水稻品种的纯度鉴定,进而在辅助其育种中进行应用。