The present disclosure relates to a method for controlling a magnetic resonance imaging guided radiation therapy apparatus (100) comprising a magnetic resonance imaging system (106). The method comprises: acquiring magnetic resonance data using the magnetic resonance imaging system from an organ (146), the organ being marked by a predefined marker; the magnetic resonance data comprising 3D image data; identifying in a reconstructed 2D image of the magnetic resonance data at least one signal void candidate of the marker; processing the 3D image data and the identified signal void for calculating a likelihood that the identified signal void candidate is part of the marker; outputting an indication of the calculated likelihood; in response to the outputting, receiving a user input specifying performing a radio therapy; and controlling the irradiation of the organ using the radiation therapy.La présente invention concerne un procédé de commande d'un appareil de radiothérapie guidé par imagerie par résonance magnétique (100) comprenant un système d'imagerie par résonance magnétique (106). Le procédé consiste : à acquérir des données de résonance magnétique à l'aide du système d'imagerie par résonance magnétique à partir d'un organe (146), l'organe étant marqué par un marqueur prédéfini, les données de résonance magnétique comprenant des données d'image 3D ; à identifier dans une image 2D reconstruite des données de résonance magnétique au moins un candidat de vide de signal du marqueur ; à traiter les données d'image 3D et le vide de signal identifié pour calculer une probabilité que le candidat de vide de signal identifié fait partie du marqueur ; à délivrer une indication de la probabilité calculée ; en réponse à l'émission, à recevoir une entrée d'utilisateur spécifiant la réalisation d'une radiothérapie ; et à commander l'irradiation de l'organe à l'aide de la radiothérapie.