The device makes it possible to select in vitro eukaryotic cells, and in particular spermatozoa (SP). It comprises a transport channel (100), preferably a DE TR transport channel (100), in which a solution containing said eukaryotic (SP) cells can flow, a first through passage (104) opening into said transport channel ( 100), a source of electromagnetic radiation (60), which is coupled to a first end of a first optical fiber (61), the other transmitting end (61b) of the first optical fiber being inserted into said first passage through (104), without protruding into the transport channel (100). The device further comprises electronic control means (7), which automatically control said source of electromagnetic radiation (60), so as to selectively alter the eukaryotic (SP) cells circulating in the transport channel (100). by the electromagnetic radiation (R) emitted by the electromagnetic radiation source (60). Le dispositif permet de sélectionner in vitro des cellules eucaryotes, et notamment des spermatozoïdes (SP). Il comporte un canal de transport (100), de préférence un canal de transport DE TR (100), dans lequel peut circuler une solution contenant lesdites cellules eucaryotes (SP), un premier passage traversant (104) débouchant dans ledit canal de transport (100), une source de rayonnement électromagnétique (60), qui est couplée à une première extrémité d'une première fibre optique (61), l'autre extrémité d'émission (61b) de la première fibre optique étant insérée dans ledit premier passage traversant (104), sans être en saillie dans le canal de transport (100). Le dispositif comporte en outre des moyens électroniques de commande (7), qui permettent de commander automatiquement ladite source de rayonnement électromagnétique (60), de manière à altérer de manière sélective les cellules eucaryotes (SP) circulant dans le canal de transport(100), au moyen du rayonnement électromagnétique d'altération (R) émis par la source de rayonnement électromagnétique
