DOUDNA, Jennifer A.,HARRINGTON, Lucas B.,CHEN, Janice S.,DENG, Xianding,GRANADOS, Andrea,CHIU, Charles
申请号：
USUS2019/062033
公开号：
WO2020/106630A1
申请日:
2019.11.18
申请国别(地区):
US
年份:
2020
代理人:
摘要：
The present disclosure provides methods for characterizing a target DNA present in a sample. The methods involve contacting the sample with a type V CRISPR/Cas effector protein and one or more guide RNAs, where the contacting generates a cleavage product comprising a 5 overhang； and ligating a double-stranded nucleic acid adapter to the cleavage product, to generate a ligation product. The ligation product includes the target DNA, which can be sequenced. The sample can be subjected to one or more amplification steps prior to the contacting step, with primers that provide for amplification of nucleic acids of, e.g., specific pathogens, categories of pathogens, two or more different pathogens, or two or more different categories of pathogens.La présente invention concerne des procédés de caractérisation d'un ADN cible présent dans un échantillon. Les procédés consistent à mettre en contact l'échantillon avec une protéine effectrice CRISPR/Cas de type V et un ou plusieurs ARN guides, la mise en contact générant un produit de clivage comprenant une extension en 5 ； et à réaliser une ligature d'un adaptateur d'acide nucléique double brin au produit de clivage, pour générer un produit de ligature. Le produit de ligature comprend l'ADN cible, qui peut être séquencé. L'échantillon peut être soumis à une ou plusieurs étapes d'amplification avant l'étape de mise en contact, avec des amorces qui permettent l'amplification d'acides nucléiques, par exemple, de pathogènes spécifiques, de catégories de pathogènes, de deux pathogènes différents ou plus, ou de deux catégories différentes de pathogènes ou plus.
