Methods for use with Type II CRISPR-Cas9 systems for increasing Cas9-mediated genome engineering efficiency are disclosed. The methods can be used to decrease the number of off-target nucleic acid double-stranded breaks and/or to enhance homology-directed repair of a cleaved target nucleic acid.Linvention concerne des procédés dutilisation de systèmes CRISPR-Cas9 de type II pour augmenter lefficacité de lingénierie génomique médiée par Cas9. Ces procédés peuvent être utilisés pour diminuer le nombre de ruptures double brin dacide nucléique hors-cible et/ou pour améliorer la réparation dirigée par homologie dun acide nucléique cible coupé.