Provided herein are methods of identifying genomic region(s) predictive of an outcome of treatment with a cell therapy and/or of a phenotype of function of the cells. In some embodiments, the methods include epigenetic and/or epigenomic analyses of the cells in connection with methods for preparing engineered cells for cell therapy and/or predicting response to a cell therapy, e.g., engineered cells for cell therapy. In some embodiments, the methods include steps to assess, characterize and analyze changes or modifications in an epigenetic property of gene region or regions, such as chromatin accessibility, nucleosome occupancy, histone modification, spatial chromosomal conformation, transcription factor occupancy and/or DNA methylation. In some embodiments, the epigenetic and/or epigenomic analysis includes determining the epigenetic properties of a cell, e.g., an engineered cell for cell therapy.L'invention concerne des méthodes d'identification de région(s) génomique(s) prédictive(s) d'un résultat de traitement par une thérapie cellulaire et/ou d'un phénotype de fonction des cellules. Dans certains modes de réalisation, les méthodes comprennent des analyses épigénétiques et/ou épigénomiques des cellules en relation avec des méthodes de préparation de cellules modifiées pour la thérapie cellulaire et/ou de prédiction d'une réponse à une thérapie cellulaire, par exemple, des cellules modifiées pour une thérapie cellulaire. Dans certains modes de réalisation, les méthodes comprennent les étapes consistant à évaluer, caractériser et analyser des changements ou des modifications dans une propriété épigénétique d'une ou de plusieurs régions géniques, telle que l'accessibilité de la chromatine, l'occupation nucléosome, la modification d'histone, la conformation chromosomique spatiale, l'occupation du facteur de transcription et/ou la méthylation de l'ADN. Dans certains modes de réalisation, l'analyse épigénétique et/ou épigénomique consiste à déterminer les propriétés é
