Methods of evaluating microorganisms to determine efficiency of colonization of a plant or plant part are described. Methods of identifying genetic elements correlated with colonization efficiency of plant-associated microorganism are also provided. Methods to identify microorganisms for use as inoculants for improved plant yield using the colonization screening methods or the presence of genetic elements associated with colonization efficiency are described. Further methods useful for identification of microorganisms useful as inoculants for improving plant yield are presented.L'invention concerne des procédés d'évaluation de micro-organismes pour déterminer l'efficacité de colonisation d'une plante ou d'une partie de plante. L'invention concerne également des procédés d'identification d'éléments génétiques corrélés à l'efficacité de colonisation d'un micro-organisme associé à une plante. L'invention concerne en outre des procédés d'identification de micro-organismes destinés à être utilisés en tant qu'inoculants pour un rendement de plante amélioré en utilisant les procédés de criblage de colonisation ou la présence d'éléments génétiques associés à l'efficacité de colonisation. L'invention concerne aussi d'autres procédés utiles pour l'identification de micro-organismes utiles en tant qu'inoculants pour améliorer le rendement des plantes.