Methods and compositions for the production of oil, fuels, oleochemicals, and other compounds in Prototheca are provided, including oil-bearing microorganisms and methods of low cost cultivation of such microorganisms. Prototheca cells containing exogenous genes encoding, for example, a lipase, a sucrose transporter, a sucrose invertase, a fructokinase, a polysaccharide-degrading enzyme, a fatty acyl-ACP thioesterase, a fatty acyl-CoA/aldehyde reductase, a fatty acyl-CoA reductase, a fatty aldehyde reductase, a fatty aldehyde decarbonylase, and/or an acyl carrier protein are useful in manufacturing transportation fuels such as renewable diesel, biodiesel, and renewable jet fuel.Prototheca内で油、燃料、油脂化学品、及び他の化合物を生成する方法及び組成物が提供されており、油を生み出す微生物、このような微生物を低コストで育てる方法を含む。例えば、リパーゼ、ショ糖トランスポーター、ショ糖インベルターゼ、フルクトキナーゼ、多糖分解酵素、脂肪族アシル-ACPチオエステラーゼ、脂肪酸アシル-CoA/アルデヒド還元酵素、脂肪酸アシル-CoA還元酵素、脂肪族アルデヒド還元酵素、脂肪族アルデヒド脱炭酸酵素、及び/又はアシルキャリアータンパク質をコードする外来遺伝子を含むPrototheca細胞は、再生可能なディーゼル、バイオディーゼル、再生可能なジェット燃料のような輸送燃料を製造するのに有用である。