The invention generally relates to pharmaceuticals and/or nutraceuticals. More particularly, the invention provides compositions of collagen-based peptides and specific digestive tract microbes useful for supporting or promoting joint, skin and/or bone health, and methods of preparation and use thereof. The invention further provides for the use of compositions of collagen-based peptides as a prebiotic for modulating the gut microbiome.L'invention concerne de manière générale des produits pharmaceutiques et/ou nutraceutiques. Plus particulièrement, l'invention concerne des compositions de peptides à base de collagène et de microbes du tractus digestif spécifiques utiles pour supporter ou favoriser la santé des articulations, de la peau et/ou des os, et des procédés de préparation et d'utilisation de celles-ci. L'invention concerne en outre l'utilisation de compositions de peptides à base de collagène comme prébiotique pour moduler le microbiome intestinal.