Provided herein are compositions, foods comprising nepenthesin or a derivative thereof and methods of using nepenthesin or a derivative thereof for modulating gluten intolerance and related conditions, such as celiac disease. Further provided herein are pharmaceutical compositions comprising nepenthesin or a derivative thereof and methods of using nepenthesin or a derivative thereof to treat bacterial infections of the gastrointestinal tract, such as C. difficile or H. pylori. Further provided herein are compositions comprising recombinant nepenthesin I or nepenthesin II, or homologous proteins, and methods for making the same.En este documento se proporcionan composiciones, alimentos que comprenden nepentesina o un derivado de la misma, y métodos para utilizar la nepentesina o un derivado de la misma para modular la intolerancia al gluten y padecimientos relacionados, tales como la celiaquía. En este documento también se proporcionan composiciones farmacéuticas que comprenden nepentesina o un derivado de la misma y métodos de uso de nepentesina o de un derivado de la misma para tratar infecciones bacterianas del tracto gastrointestinal, tales como C. difficile o H. pylori. En este documento también se proporcionan composiciones que comprenden nepentesina I o nepentesina II recombinante, o proteínas homólogas, y métodos para elaborarlas.