Disclosed herein are methods and compositions for inactivating MHC genes using a zinc finger protein and a zinc finger nuclease (ZFN) containing a cleavage domain or a truncated half-domain under conditions that can preserve cell viability. A cell comprising a polynucleotide encoding a ZFN, a vector comprising a polynucleotide encoding a ZFN, and a polynucleotide encoding a ZFN and / or a cell comprising a ZFN is also provided.본원에는 세포 생존 능력을 보존할 수 있는 조건 하에 징크 핑거 단백질 및 절단 도메인 또는 절단 절반-도메인을 포함하는 징크 핑거 뉴클레아제 (ZFN)를 사용하여, MHC 유전자를 불활성화시키는 방법 및 조성물이 개시된다. ZFN을 코딩하는 폴리뉴클레오티드, ZFN을 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 벡터 및 ZFN을 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 세포 및/또는 ZFN을 포함하는 세포가 또한 제공된다.
