本发明公开了一种伤寒沙门菌疫苗重组蛋白及其编码基因和它们的应用，该重组蛋白包括如SEQ ID NO.1所示的氨基酸序列。制备方法包括：构建yncD表达质粒，对yncD表达质粒诱导表达和纯化；所述构建yncD表达质粒采用如SEQ ID NO.3和如SEQ ID NO.4所示的引物做PCR，获得yncD基因全序列，连接到表达质粒，得到重组质粒。本发明的重组蛋白包括具有良好免疫原性的靶蛋白，位于沙门菌表面；其是一个涉及铁摄取的TonB依赖性外膜转运体，为细菌体内生存和致病所必需；蛋白的氨基酸序列保守，广泛存在于目前已测序的伤寒沙门菌菌株中，且其基因功能在不同伤寒沙门菌菌株中是一致的，具有良好的免疫原性，对免疫小鼠具有良好的保护效果。
