本发明涉及基因工程领域,具体地,本发明涉及一种新颖的特异腐质霉来源的高温酸性β-葡萄糖苷酶HiBgl3C及其基因和应用。本发明提供了一种新的高温酸性β-葡萄糖苷酶HiBgl3C,其具有如SEQ ID NO.1或2所示氨基酸序列,且本发明还提供了编码上述高温中性β-葡萄糖苷酶HiBgl3A的基因,其核苷酸序列如SEQ ID NO.4或5所示,以及包含该基因的重组载体和重组菌株及其应用。本发明所提供的来源于特异腐质霉的高温酸性β-葡萄糖苷酶HiBgl3C,最适温度为60℃,最适pH为5.5,且pH稳定性较好,可耐受碱性环境;对大多数化学试剂、金属离子和葡萄糖都具备较好的耐受性,具备可观的在洗涤剂、生物乙醇等多种行业的复杂环境下的应用前景。