Disclosed herein are methods and compositions for engineering cells to express a CAR where the cells also have inactivated TCR, HPRT, PD1, CISH and/or HLA genes, using engineered nucleases comprising at least one DNA binding domain and a cleavage domain or cleavage half-domain in conditions able to preserve cell viability. Polynucleotides encoding nucleases, vectors comprising polynucleotides encoding nucleases and cells comprising polynucleotides encoding nucleases and/or cells comprising nucleases are also provided.L'invention concerne des procédés et des compositions pour modifier des cellules afin qu'elles expriment un CAR, les cellules comprenant également des gènes TCR, HPRT, PD1, CISH et/ou HLA inactivés, à l'aide de nucléases modifiées comprenant au moins un domaine de liaison à l'ADN et un domaine de clivage ou un demi-domaine de clivage dans des conditions permettant de préserver la viabilité cellulaire. L'invention concerne également des polynucléotides codant des nucléases, des vecteurs comprenant des polynucléotides codant des nucléases et des cellules comprenant des polynucléotides codant des nucléases et/ou des cellules comprenant des nucléases.