本发明公开了一种鸡mtDNA D-loop区全序列扩增及测序方法和专用引物，属于鸡线粒体基因组研究领域。鸡mtDNA D-loop区全序列扩增及测序用引物，见序列表SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3。扩增及测序方法，包括以下步骤：（1）提取鸡羽毛中的DNA，并检测质量；（2）在鸡mtDNA D-loop区上下游保守区域设计一对PCR引物（见序列表SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2），通过PCR反应扩增包含Cytb基因的片段，经琼脂糖电泳检测；（3）设计测序引物（见序列表SEQ ID NO.3）对PCR产物进行测序；（4）对测序序列进行拼接。本发明的检测方法具有速度快、成本低、易掌握等优点，所获得的mtDNA D-loop区全序列可以应用于鸡遗传资源多样性评估、母系起源、系统进化分析和种质资源鉴定与保护等多个领域。
