PURPOSE: A wheat embryo bud extract with antibacterial effect is provided to replace antiseptic or antibiotics and to prevent and treat pathogenic diseases. CONSTITUTION: A wheat embryo bud extract composition with antibacterial effect contains wheat embryo bud extract as an active ingredient. The extract is prepared using chloroform, ethyl acetate, or diethylene glycol monoethyl ether. The extract is prepared by supercritical fluid extraction using carbon dioxide as supercritical fluid and ethyl alcohol as an assistant solvent. A composition contains 0.01-100 wt% of the wheat embryo bud extract. A method for isolating antibacterial ingredients from wheat embryo bud comprises: a step of pulverizing prepared wheat embryo bud and treating with chloroform, methylene chloride, ethyl acetate, or diethyelen glycol monoethylether; and a step of dissolving the extract in solvent and filtering.본 발명의 항균 효능을 갖는 밀배아 추출물을 함유하는 밀배아 추출물 조성물은 식품, 화장품 또는 동물 사료 등에 첨가되는 방부제 또는 항생제를 대체할 수 있고, 밀배아는 밀가루 생산 공정시 부산물로 대량으로 값싸고 쉽게 구할 수 있어 이를 활용한 본 발명의 밀배아 추출물은 식품, 음료, 화장품 등에 폭 넓게 사용가능할 뿐만 아니라 현재 화두로 되고 있는 동물사료 항생제를 대체할 수 있는 항균물질로서 사용가능한 장점이 있다. 따라서, 본 발명의 밀배아 추출물은 식품 등을 매개로 하는 병원균성 질병을 예방 및 치료할 수 있고 항생제에 대한 내성 증가를 방지하기 위한 새로운 천연 항균물질로서 사용될 수 있으며, 동물사료 뿐만 아니라 음식, 음료, 화장품 및 식품 포장 등의 다양한 분야에 적용이 가능한 장점이 있다.