本发明公开了一种南方根结线虫食道腺特异基因Msp40及其编码蛋白和其作为潜在RNA干扰靶标基因的应用。该Msp40基因编码的蛋白，是具有下述氨基酸残基序列之一的蛋白质：1）序列表中的SEQ ID №.2的氨基酸残基序列；2）将序列表中的SEQ ID №.2的氨基酸残基序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加且与线虫致病力相关的由1)衍生的蛋白质。本发明的编码基因作为潜在的RNA干扰靶标基因，可用来制备dsRNA或RNA干扰载体，通过植物体内及体外RNA干扰线虫Msp40表达，从而显降低线虫致病力，同时也为抗线虫转基因植物的培育奠定了基础。
