The present invention relates to an electroporation device, and to a controlling method thereof. To this end, the electroporation device comprises: an infiltration part including a plurality of electrodes infiltrated into body and a controlling part controlling voltage applied to each of the plurality of electrodes and applying pulses by setting one of the plurality of electrodes as standard polarity, whereas the rest of the plurality of electrodes are sorted as opposite polarity.COPYRIGHT KIPO 2017본 발명은 전기천공장치 및 그 제어방법에 관한 것으로, 생체내로 침투되는 복수개의 전극을 포함하는 침투부 및 상기 복수개의 전극 각각에 인가되는 전압을 제어하며, 상기 복수개의 전극 중 하나를 기준극성으로 하고 나머지 전극들을 반대극성으로 하여 펄스를 인가하는 제어부를 포함하는 것을 특징으로 한다.