The invention comprises a method for transforming an organic substrate. The method comprises a step consisting in positioning the organic substrate (1) in a reactor (2), at least part of which has the ability to exchange certain identified substances (3) in gas or liquid form, and a step of immersing the reactor (2) in an aquatic medium (4) and a step of bringing at least one reagent into the presence of the organic substrate inside the reactor (2). The immersion step consists in lowering the reactor (2) to a predetermined depth (A), keeping the reactor (2) within a range of depths of predetermined amplitude for a predetermined immersion period, and extracting the reactor (2) from the aquatic medium (4).L'invention comprend un procédé de transformation d'un substrat organique. Le procédé comprend une étape consistant à placer le substrat organique (1) dans un réacteur (2) dont une partie au moins présente une capacité d'échanges à certaines substances identifiées (3) sous forme gazeuse ou liquide, et une étape d'immersion du réacteur (2) dans un milieu aquatique (4) et une étape de mise en présence de au moins un réactif avec le substrat organique au sein du réacteur (2). L'étape d'immersion consiste à descendre le réacteur (2) jusqu'à une profondeur prédéterminée (A), maintenir le réacteur (2) dans une plage de profondeurs d'amplitude prédéterminée pendant une durée d'immersion prédéterminée et extraire le réacteur (2) hors du milieu aquatique (4).