本发明公开了一种蛋鸭昼夜节律行为关联基因Cry1分子标记筛选方法,包括如下步骤:(1)DNA提取:用血液/细胞/组织基因组DNA试剂盒提取DNA,然后测定OD值和浓度;(2)引物设计:运用Primer Primer 5.0进行引物设计,送生物公司合成;(3)PCR扩增:应用20μL反应体系,设置PCR扩增条件进行PCR扩增,取产物用琼脂糖凝胶电泳检测;(4)扩增产物片段纯化、载体连接、转化、阳性克隆筛选与测序;(5)SNP突变位点筛查与关联分析,确定与蛋鸭的昼夜节律行为相关联的SNP;在分子育种过程中,用上述方法检测到的与昼夜节律行为关联基因Cry1的突变基因型即作为分子标记。