本发明公开了一种蛋鸭啄羽性状重要基因HTR2C分子标记,该分子标记包括如下步骤:(1)DNA提取:采用磁珠法从蛋鸭胸肌样品中提取DNA;(2)引物设计:运用Primer Primer 5.0进行引物设计;(3)PCR扩增:应用20μL反应体系,设置PCR扩增条件进行PCR扩增,产物取5μL用2.0%琼脂糖凝胶电泳检测;(4)扩增产物片段纯化、载体连接、转化、阳性克隆筛选与测序;(5)SNP突变位点筛查与关联分析,确定与啄羽性状相关联的SNP。应用本发明的方法寻找与啄羽行为相关的分子标记可以从根本上消除遗传因子引起的啄羽。本发明可以为建立行为性状的分子选择方法提供借鉴。