本发明公开了涉及一种水稻生殖发育基因TFN的应用及恢复TFN基因缺失导致水稻生殖发育异常的方法。所述的TFN基因的氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示,所述的应用是:采用常规方法获得水稻生殖发育缺陷及雄性不育株系;所述恢复TFN基因功能缺失的方法为:使用遗传转化方法转化突变体,或采用氮源处理突变体,使其恢复到野生型表型。本发明首次采用氮源处理恢复突变体的野生型表型,并证实水稻TFN基因参与氮素在植物体内的分配利用。本发明为提高水稻氮素利用率的遗传改造和水稻氮高效基因型育种提供分子基础,可用于水稻品种改良。并可用于杂交育种中,免除母本去雄的工作,大大提高生产效率,在农业生产上具有重要的应用。