The present invention relates to a novel microorganism, Vibrio hemicentroti CNCN001, separated from the intestines of an abalone; and to a method for manufacturing an alginate oligomer using the same. The V. hemicentroti CNCN001 has an excellent alginate degradability and an excellent activity of the manufactured alginate oligosaccharide, thereby having excellent industrial usefulness as a novel functional material in various fields including industry relating to medicals, functional food, and functional feed.본 발명은 전복 내장에서 분리된 신규한 미생물 비브리오 헤미센트로 CNCN001(Vibrio hemicentroti CNCN001) 및 이를 이용한 알긴산 올리고머의 제조방법에 관한 것으로, V. hemicentroti CNCN001는 알긴산 분해능이 우수하고, 생성되는 알긴산 올리고당의 효능이 우수하여 의약품, 기능성 식품, 기능성 사료와 관련된 산업을 포함한 다양한 산업에서 신규한 기능성 소재로서 산업상 이용가치가 매우 높다.