축사 내부 공기의 환기 시 에너지의 일부를 회수하도록 함으로써 냉난방 에너지를 효율적으로 절감할 수 있는 축사에 설치된 열교환 환기장치의 운전방법이 개시된다. 이를 위하여 열교환 환기장치의 설정온도 및 온도편차를 입력받는 입력단계와, 상기 열교환 환기장치가 실내에 설치된 온도센서를 통해 축사 내부의 실내온도를 측정하는 실내 감지단계, 및 상기 열교환 환기장치가 상기 실내온도와 설정온도 및 온도편차를 분석하여 열교환 환기장치의 입기 환기량을 조절하는 환기량 조절단계를 포함하는 축사에 설치된 열교환 환기장치의 운전방법을 제공한다. 본 발명에 의하면, 축사의 온도 및 습도 변화에 적절하게 대응하여 축사의 온도 및 습도를 일정하게 유지할 수 있다.