A method for obtaining glyphosate-tolerant rice by site-specific nucleotide substitution, comprising replacing threonine (T) at position 8 in the amino acid sequence of the conserved region of endogenous EPSPS protein of the target plant with isoleucine (I)； Substituting proline (P) at position 12 with serine (S) only for obtaining a plant, ie a glyphosate-tolerant plant. Methods are provided that can generate site-specific nucleotide and fragment substitutions using the CRISPR-mediated NHEJ pathway.部位特異的ヌクレオチド置換によりグリホサート耐性イネを取得するための方法であって、標的植物の内在性ＥＰＳＰＳタンパク質の保存領域のアミノ酸配列の８位のスレオニン（Ｔ）をイソロイシン（Ｉ）で置換するステップと、１２位のプロリン（Ｐ）をセリン（Ｓ）で置換するステップとのみによって、植物、すなわちグリホサート耐性植物を取得することを含む方法を提供する。ＣＲＩＳＰＲ介在型ＮＨＥＪ経路を用いて部位特異的ヌクレオチド置換体および断片置換体を生成しうる方法を提供する。
