A process for producing a flavonoid clathrate compound comprising a desorption step of desorbing rhamnose by treating a poorly soluble flavonoid having a rhamnoside structure with an enzyme having a rhamnosidase activity in the presence of a cyclodextrin. According to the production method of the present invention, it is possible to efficiently produce a flavonoid clathrate compound and a flavonoid glycoside composition excellent in solubility in water, and are suitably used in the fields of medicines, foods, health foods, certain health foods, and cosmetics. It is available.람노시드 구조를 갖는 난용성 플라보노이드를, 시클로덱스트린의 존재하, 람노시다아제 활성을 갖는 효소로 처리하여 람노오스를 탈리하는 탈리 공정을 포함하는, 플라보노이드 포접 화합물의 제조 방법. 본 발명의 제조 방법에 의하면, 물에 대한 용해성이 우수한 플라보노이드 포접 화합물이나 플라보노이드 배당체 조성물을 효율적으로 생산할 수 있고, 의약품, 음식품, 건강 식품, 특정 보건용 식품, 및 화장품 등의 분야에 있어서 적합하게 이용할 수 있다.