An apparatus for deactivating medical instruments and devices, comprised of a decontamination chamber dimensioned to receive medical instruments and devices to be microbially deactivated. A circulation system is provided to circulate a deactivating fluid through the deactivation chamber. The circulation system has a first fluid path connected to the decontamination chamber and a second fluid path is connected to the first fluid path. A water inlet line introduces water into the apparatus. The water inlet line is connected to the second fluid path. A filter is disposed within the second fluid path to filter fluid within the apparatus. A first pump is disposed in the first fluid path to circulate fluid in the first fluid path. A second pump is disposed in the second fluid path to circulate fluid in the second fluid path.Linvention concerne un appareil pour désactiver des instruments et des dispositifs médicaux, qui est composé dune chambre de décontamination dimensionnée pour recevoir des instruments et des dispositifs médicaux dont les microbes doivent être désactivés. Un système de circulation est disposé pour faire circuler un fluide de désactivation à travers la chambre de désactivation. Le système de circulation a un premier trajet de fluide relié à la chambre de décontamination, et un second trajet de fluide est relié au premier trajet de fluide. Un conduit dentrée deau introduit de leau dans lappareil. Le conduit dentrée deau est relié au second trajet de fluide. Un filtre est disposé à lintérieur du second trajet de fluide pour filtrer le fluide à lintérieur de lappareil. Une première pompe est disposée dans le premier trajet de fluide pour faire circuler du fluide dans le premier trajet de fluide. Une seconde pompe est disposée dans le second trajet de fluide pour faire circuler du fluide dans le second trajet de fluide.