Present disclosure is directed to methods of lowering immunogenicity in long polynucleotide sequences by precise sequence engineering of immunogenic motifs in the polynucleotide sequences. This disclosure is further directed to precisely sequence engineered polynucleotides with improved functionality, such as displaying low innate immunogenicity, improved stability or high protein expression. In these polynucleotides, immunogenic sequence motifs are removed while conserving the remainder of the sequence. Compared to overall nucleotide alterations, this targeted engineering approach has unique advantages, including less disruption of the natural or optimized polynucleotide sequence, and hence, preservation of high expressivity while enabling stealthiness vis-à-vis the innate immune receptors.La présente invention concerne des méthodes permettant de diminuer l'immunogénicité de longues séquences polynucléotidiques en réalisant une modification de séquence précise des motifs immunogènes de ces séquences polynucléotidiques. La présente invention concerne en outre des polynucléotides dont la séquence a été modifiée de façon précise et présentant une fonctionnalité améliorée, telle que de présenter une faible immunogénicité innée, une stabilité améliorée ou une expression protéique élevée. Dans ces polynucléotides, les motifs immunogènes de la séquence sont éliminés tandis que le reste de la séquence est conservé. Par comparaison avec des altérations globales des nucléotides, cette approche de modification ciblée présente des avantages uniques, y compris une moindre désorganisation de la séquence polynucléotidique naturelle ou optimisée, et, par conséquent, la préservation d'une expression élevée tout en permettant un caractère furtif vis-à-vis des récepteurs immunitaires innés.
