本发明属于棉花分子育种技术领域，具体涉及一种构建棉花纤维转录图谱的方法，步骤如下：以海岛棉Pima 3-79为父本，陆地棉鄂棉22为母本，杂交得F1；种植F1，使F1自交，得到F2；以该F2单株作为纤维转录图谱作图的起始材料；提取所述田间F2单株开花后5天的纤维的RNA，并反转录为cDNA，作为转录图谱的作图群体；利用报道的EST-SSR引物和自行设计的如序列表SEQ ID NO：1-90所示的引物分别对F2单株进行作图群体分析，用变性的聚丙烯酰胺凝胶电泳分析；最后利用MAPMAKER/EXP.3.0作图软件分析数据，制作获得转录图谱。与现有方法相比本发明的方法简捷实用，QTL定位更加准确，便于棉花纤维发育相关基因的克隆。
