本发明属于棉花分子育种技术领域,具体涉及一种构建棉花纤维转录图谱的方法,步骤如下:以海岛棉Pima 3-79为父本,陆地棉鄂棉22为母本,杂交得F1;种植F1,使F1自交,得到F2;以该F2单株作为纤维转录图谱作图的起始材料;提取所述田间F2单株开花后5天的纤维的RNA,并反转录为cDNA,作为转录图谱的作图群体;利用报道的EST-SSR引物和自行设计的如序列表SEQ ID NO:1-90所示的引物分别对F2单株进行作图群体分析,用变性的聚丙烯酰胺凝胶电泳分析;最后利用MAPMAKER/EXP.3.0作图软件分析数据,制作获得转录图谱。与现有方法相比本发明的方法简捷实用,QTL定位更加准确,便于棉花纤维发育相关基因的克隆。