A particle beam therapy system (100) comprising: A synchrotron (200) adapted to accelerate beams of charged particles to a desired level of energy and allow the extraction of said beams of charged particles that exceed a stability limit for the amplitude of the oscillation of the circulating beams of charged particles, an irradiation device (500) adapted to radiate a target with said beams of charged particles, and a beam transport system (300) adapted to drive said beams of extracted charged particles of said synchrotron (200) to said irradiation device (500), characterized by a control unit (600) adapted to control the synchrotron and the beam transport system to eliminate part of said beams of charged particles circulating in said synchrotron (200) from within the synchrotron or the beam transport system in a period of preparation of the extraction between the fi Finalization of the synchrotron acceleration and the start of irradiation and allowing the rest of said circulating beams of charged particles to be extracted from said synchrotron (200) and conducted to said irradiation device (500) in a subsequent irradiation period.Un sistema de terapia por haz de partículas (100) que comprende: Un sincrotrón (200) adaptado para acelerar haces de partículas cargadas a un nivel deseado de energía y permitir la extracción de dichos haces de partículas cargadas que excedan un límite de estabilidad para la amplitud de la oscilación de los haces circulantes de partículas cargadas, un dispositivo de irradiación (500) adaptado para irradiar un objetivo con dichos haces de partículas cargadas, y un sistema de transporte de haces (300) adaptado para conducir dichos haces de partículas cargadas extraídas de dicho sincrotrón (200) a dicho dispositivo de irradiación (500), caracterizado por una unidad de control (600) adaptada para controlar el sincrotrón y el sistema de transporte de haces para eliminar parte de dichos haces de partículas cargadas que circulan en dicho sincrotró
